Eine von den wichtigsten Dominanzen des neo-baptistischen Bruderhofes in Sobotište ist eine Wassermühle, auch Obere oder Habaner genannt. Nach der Ankunft der Neo-Baptisten Sobotište kauften die sie im Jahr 1546 das unfertigte Mühlengebäude vom Landsmann Kliment Papp als ein Teil des verlassenen Maierhofs außerhalb des Dorfgebiets. Dann lebten und verwalten sie sie dort mehr als vier Jahrhunderte. Nach dem Niedergang der Mühle im Bruderhof in Veľké Leváre wurde die Wassermühle in Sobotište die letzte erhaltene Mühle von Neo-Baptisten in der Slowakei. Heutzutage gehört sie zu den wichtigen Denkmälern von architektonischem und technischem Wert und ist ein Beweis für die hervorragenden Fachkenntnisse des Müllerhandwerks.
Die Neo-Baptisten in Sobotište besaßen drei Mühlen. Die erste befand sich direkt im Bruderhof (Obere Mühle), dann gab es noch die Mühlen in Dolina und Trávniky. Die Obere Mühle der Neo-Baptisten hat die Form eines Längsgebäudes mit einer zum ehemaligen Platz orientierten Fassade. Der Platz wird mit dem Rathaus und den Glockenturm abgeschlossen. Die Hauptfassade mit weißem Streifenrahmen ist mit einem Satteldachgiebel ausgestattet. Der Mühlenantrieb ist entlang der Westfassade ausgerichtet, wo sich Holzräder befanden. Die Wassermühle mit dem oberen Antrieb wurde durch Abprallen des Malina-Baches geschaffen. Die Reste der Zu- und Abflusskanäle sind in unmittelbarer Nähe des peripheren Mauerwerks der Mühle erhalten geblieben. Die heutige äußere Gestaltung der Mühle ist das Ergebnis der Rekonstruktion aus dem Jahr 1739. Von dieser Zeit wurden im Gebäude die Dispositionsgliederung der inneren Räume und die tragenden Holzelemente erhalten. Jüngere Bearbeitung fand im Jahr 1816 statt.
Während des Betriebs befand sich die Mühle im dem gemeinsamen Eigentum des neo-baptistischen Bruderhofes, der sie pachtete. Das verdiente Geld wurde an die gemeinsame Kasse überwiesen. Der letzte Pächter der Mühle war ein Nachkomme des Neo-Baptisten Štefan Baumgartner mit seiner Frau Antonia Baumgartner geb. Sedláčková. Nach der Verstaatlichung in den 50er Jahren des 20sten Jahrhundert wurde die Mühle teilweise als Lager und Tischlerwerkstatt benutzt. Wesentliche Bauarbeiten im 20sten Jahrhundert wurden nach dem Jahr 1945 nicht mehr durchgeführt. In der zweiten Hälfte des 20sten Jahrhunderts wurde die Mühle nicht mehr benutzt und wurde verfallen.
Aufgrund künstlerischer und historischer Forschungen wurde die Mühle im Jahr 1963 zum Nationalen Kulturdenkmal erklärt. Im Jahr 1999 wurde sie Teil einer renommierten Denkmalzone. Ein Jahr später wurde die grundlegende statische Sicherheit hergestellt und eine neue Dachwerkkonstruktion in Form der Kopie hergestellt. Durch das grenzüberschreitende Programm Interreg V-A SK-CZ und das Projekt „Auf den Spuren der Habaner“ wurde im Jahr 2017 eine komplexe Mühlenrestaurierung begonnen, die eine Denkmalrestaurierung und eine Museumspräsentation des ehemaligen Mühlengebäudes beinhaltete, mit dem Ziel die Historie des Bruderhofes und das Leben der Neo-Baptisten in Sobotište anzunähern.
