Sobotište sa prvý raz spomína v listine z roku 1251 ako terra Zabodycha – zem Sobotište. Obec bola trhovým miestom na diaľkovej obchodnej ceste. Trhy sa tu konali v sobotu. Sobotište bolo najskôr súčasťou pohraničného hradu Bana (okres Piešťany), od 2. polovice 13. storočia patrilo k hradu Branč. Najznámejším rodom, ktorý vlastnil Brančské panstvo viac ako tristo rokov bol rod Nyáry de Bedegh (Ňári). František I. Ňári (+1551) sobášom s Alžbetou Korlátskou v roku 1530 vyženil podiel Brančského panstva s hradom Branč a scelil časti Brančského a Korlátske panstva. Jeho manželstvo zostalo bezdetné. Po jeho smrti vlastníctvo panstva prešlo na komposesorát (správu viacerých majiteľov), z nich Ňáriovci mali najväčší podiel.
Mestečko Sobotište (spolu so Senicou) predstavovalo jedno z centier Brančského panstva. Viaceré zemianske rodiny zviazané s panstvom (napr. Ňáriovci, Pongrácovci, Vietorisovci) si v mestečku postavili svoje kúrie. Ňáriovci v Sobotišti prestavali pôvodne obrannú pevnosť na obytný kaštieľ, ktorý sa stal sídlom Brančského panstva.
K Sobotišťu patrili aj kopanice osídľované od začiatku 17. storočia. Podľa sčítania žilo v roku 1752 v mestečku 152 rodín, na okolitých kopaniciach 134 rodín a v roku 1787 mala obec 3245 obyvateľov a 405 domov.
Väčšina obyvateľstva sa hlásila k luteranizmu, ktorý sa na Bračskom panstve šíril od 2. polovice 16. storočia najmä vďaka Ňáriovcom. Okrem nich v mestečku žili novokrstenci, ktorí sa tu usadili na pozvanie Františka I. Ňáriho a katolíci. V druhej polovici 20. rokov 17. storočia pribudli českí a moravskí exulanti hlásiaci sa k Jednote bratskej. Koncom 17. storočia pestrú náboženskú skladbu obohatili židia.
Väčšina rodín sa živila obrábaním pôdy, chovom dobytka a oviec. Popri poľnohospodárstve existovali v Sobotišti aj remeselníci. V 17. stor. vznikol spoločný cech sobotištských a senických mäsiarov a v roku 1765 založil v Sobotišti gróf Jozef Ňári manufaktúru na spracovanie vlny.
V obrodeneckých časoch patrilo Sobotište zásluhou evanjelického učiteľa Samuela Jurkoviča k popredným kultúrnym strediskám regiónu. V roku 1841 vzniklo v Sobotišti Slovenské národné divadlo nitranské a v roku 1845 prvého úverového družstvo na svete – Gazdovský spolok.
Na jeseň 1848 v dôsledku vojenských úspechov hurbanistov v Brezovej pod Bradlom mnohí provládni úradníci zo Sobotišťa a okolia utiekli. Niekoľko sobotišťanov vstúpilo k dobrovoľníkom do Hurbanovských vojsk.
V porevolučnom období zaniklo Brančské panstvo. V 19.storočí sa správne úrady sústreďovali v Senici, ktorá sa začala rýchlo rozrastať na rozdiel od Sobotišťa. Nastal aj odliv obyvateľov za prácou. Na bývalých panských majetkoch hospodárili v Sobotišti viacerí veľkostatkári ako Kuffnerovci, ktorí mali v katastri rozsiahle pozemky. Po vzniku československej republiky sa ich pozemky rozparcelovali. Obec si dodnes zachovala vidiecky ráz a sídelnú štruktúru zo začiatku 20.storočia.
