Mlyn je jednou z dominánt pamiatkovej zóny. Habánska komunita ho kúpila v roku 1545 od zemana Klimenta Pappa. Na fasáde boli dochované štyri datovacie kartuše (1739, 1816,1822, 1921).Rok 1739 sa pravdepodobne viaže k najstaršej omietkovej vrstve aj súčasnému pôdorysu objektu. V priebehu 19. storočia bol mlyn prefasádovaný hrubozrnnou omietkou. V interiéri na múčnej hrade je uvedený rok 1850 a súvisí zrejme s obnovou technológie mlyna. Do roku 1945 bol mlyn v spoločnom vlastníctve habánskej obce, ktorá ho prenajímala a zisk odovzdávala do spoločnej pokladnice. Prestalo sa v ňom mlieť zrušením súkromných živností v roku 1951. Pol storočie chátral. V roku 2001 bola zrealizovaná rekonštrukcia krovu a strechy a v rokoch 2019 -2020 prešiel v rámci projektu „Po stopách habánov“ komplexnou rekonštrukciou. Bola mu prinavrátená najhodnotnejšia neskororenesančná podoba.
