In 1526 wurde die Stadt Mikulov dem ersten Ort der Neo-Baptisten in Mähren, wo sie einen Beschützer fanden – den Grundherren Liechtenstein. Zu den wichtigen Brüderhofen dieser Zeit gehörten Slavkov u Brna (bei Brünn) und Hustupoče, die Jakub Hutter besuchte.
Nach dem Beschluss der Provinzversammlung von Znojmo mussten die Neo-Baptisten das Land bis zum 24. April 1535 verlassen. Die Vertreibung war eher eine Frage von einigen Monaten, da sie bereits im Jahr 1537 ihre Wohnungen erneuerten. Nach wiederholten Vorschlägen gelang es dem Ferdinand I. im Jahr 1546 die Vertreibung von Neo-Baptisten aus Mähren durchzusetzen. Dieses Gesetz wurde auch nicht strikt eingehalten. Die ungelöste Position der Neo-Baptisten wurde im Jahr 1570 gelöst. Die Brüder stimmten dem Kompromissvorschlag des mährischen Adels zu, der ihnen garantierte, in Mähren zu bleiben, wenn sie wie der Rest der Bevölkerung Steuern zahlen würden.
Bis 1622, als sie Mähren nach der Niederlage des Mährischen Aufstands verlassen mussten, war es eine Zeit der Stabilität und des Wohlstands für die Neo-Baptisten. In ihren Chroniken wird diese Zeit als das Goldene Zeitalter bezeichnet. In Südmähren lebten sie in ungefähr 50 Lokalitäten mit einer geschätzten Anzahl von 15.000 bis 20.000 Menschen. Der Sitz von Vorsteher (Bischof) und Führung war der neo-baptistische Bruderhof Nový Mlýny (heute Teil der Gemeinde Přítluky, Bezirk Břeclav).
Noch vor der Ankunft von Gruppen der Neo-Baptisten aus Mähren wirkten Einzelpersonen in der Slowakei als Missionare. In der Westslowakei gab es mehrere neo-baptistische Missionare aus Mähren, denen es 1536 gelang, etwa 60 Menschen nach Mähren zu ziehen.
Die Gründung der neo-batistischen Gemeinden in der Slowakei war mit ihrer Vertreibung aus Mähren im Jahr 1545 verbunden. Der erste Ort, an dem sie sich vor dem Jahr 1546 ansiedelten, war die Stadt Sobotište, die ein Teil des Branč Gutes war. Der Besitzer des Gutes war František Nári (+1551), der auch als Besitzer von Bzenec-Gut, die Neo-Baptisten aus Mähren als ausgezeichnete Handwerker kannte und ihnen daher einen Ort zur Gründung von Bruderhof anbot. Weitere vertriebene mährische Neo-Baptisten wurden von Peter Bakič auf dem Holíč-Šaštín-Gut empfangen. Im Jahr 1549 wurden sie aus Ungarn vertrieben. Nach einigen Jahren kehrten sie sich zu einigen zurück oder gründeten neue Höfe. Nach dem Jahr 1622 wurden durch die Vertreibung der Neo-Baptisten aus Mähren weitere Bruderhöfe eingerichtet. Die Mehrheit von ihnen wurde jedoch aufgrund der chaotischen Bedingungen, die den Aufstand und den Aufruhr verursachten, verschwunden. Seit den 30-er Jahren des 18.-ten Jahrhunderts hat die fortschreitende Rekatholisierung von Neo-Baptisten zusammen mit der schrittweisen Slowakisierung und Assimilation den Verfall ihrer Gemeinschaften beschleunigt. Bis zum Zweiten Weltkrieg haben die Habaner in Sobotište und Veľké Leváre und im geringeren Maß in Moravský Sv. Ján das Bewusstsein von ihrer Vergangenheit aufbewahren.
Lokalitäten von Neo-Baptisten in der Slowakei
Die in 16-ten Jahrhundert gegründeten Bruderhöfe, die vor 1622 verschwunden
Kúty
Unín
Petrova Ves
Dojč
Rovensko
Podbranč
Kopčany
Holíč
Kátov
Popudiny
Horné Orešany
Die in 16-ten Jahrhundert gegründeten Bruderhöfe, die nach 1622 existieren
Brodské
Veľké Leváre (1588)
Moravský Sv. Ján
Sekule
Borský Sv. Jur
Sobotište
Šaštín
Smolinské
Gbely
Senica
Dubnica
Trenčianska Teplá
Trenčín
Soblahov
Čachtice
Častkovce
Chtelnica
Dechtice
Košolná
Die nach 1622 gegründeten Dörfer
Častá
Veľké Kostolany
Vlčkovce
Andere Bruderhöfe im Königreich Ungarn
Alvinci (1622)
Blatný Potok (1645)
